Η Δρ. Μεταξία Τσιποπούλου γεννήθηκε στην Αθήνα. Πήρε το πτυχίο της και το διδακτορικό της δίπλωμα από το Πανεπιστήμιο Αθηνών με θέμα διατριβής την Πρώιμη Εποχή του Σιδήρου στην Ανατολική Κρήτη. Συνέχισε μεταδιδακτορικές σπουδές και έρευνα στο Πανεπιστήμιο του Bristol, στην Αγγλία, για δύο χρόνια, στο Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών της Ιταλίας, ως υπότροφος της Ευρωπαϊκής Ένωσης, και στο Κρατικό Πανεπιστήμιο της Νέας Υόρκης στο Buffalo, ως υπότροφος του Ιδρύματος Fulbright. Πρόσφατα ήταν επισκέπτρια καθηγήτρια στο Πανεπιστήμιο του Bristol στην έδρα Peter Warren. Εργάσθηκε στην Αρχαιολογική Υπηρεσία του Υπουργείου Πολιτισμού από το 1975 μέχρι το 2011, κυρίως στην Κρήτη, Δυτική και Ανατολική. Από το 2007 ως το τέλος του 2011 διηύθυνε τη Διεύθυνση Εθνικού Αρχείου Μνημείων της Κεντρικής Υπηρεσίας του Υπουργείου Πολιτισμού, και ήταν υπεύθυνη για τη διαχείριση της ψηφιακής κληρονομιάς, καθώς και για το Ιστορικό Αρχείο της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας. Στο πλαίσιο αυτό συντόνισε πολλά προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης που στόχευαν στην προώθηση του ελληνικού πολιτισμού μέσω ηλεκτρονικών εφαρμογών, ιδιαίτερα την Ευρωπαϊκή Ψηφιακή Βιβλιοθήκη Europeana. H Δρ. Τσιποπούλου είναι ειδική για την Εποχή του Χαλκού και την Πρώιμη Εποχή του Σιδήρου του Αιγαίου και ειδικότερα της Κρήτης, και τα επιστημονικά της ενδιαφέροντα επικεντρώνονται στη μελέτη της κατανομής των οικισμών και την κεραμική. Διευθύνει σημαντικές συστηματικές ανασκαφές στην Κρήτη, περιλαμβανομένου του Μινωικού αστικού οικισμού, του ανακτόρου και του νεκροταφείου του Πετρά Σητείας, και του οικισμού του τέλους της Εποχής του Χαλκού στο Χαλασμένο Ιεράπετρας. Έχει διευθύνει την ανασκαφή του Προανακτορικού τειχισμένου κτιρίου στην Αγία Φωτιά Σητείας, καθώς και τα Υστερομινωικά ΙΙΙ νεκροταφεία στην Κριτσά Μιραμπέλου και τα Αχλάδια Σητείας. Έχει επίσης πραγματοποιήσει επιφανειακές έρευνες, έχει οργανώσει μουσειακές εκθέσεις, καθώς και διεθνή συνέδρια και έχει δώσει πολλές διαλέξεις και σεμινάρια στην Ελλάδα, την Ευρώπη, τις Ηνωμένες Πολιτείες και τον Καναδά. Έχει επίσης επιμεληθεί ιστοτόπους για την Ελληνική και τη Μινωική Αρχαιολογία. Οι έρευνες της αποτελούν συστηματικά προγράμματα του Υπουργείου Πολιτισμού, έχουν διεπιστημονικό και διεθνή χαρακτήρα και σε αυτά συμμετέχουν επιστήμονες διαφόρων ειδικοτήτων από την Ελλάδα, την Ευρώπη τις ΗΠΑ και τον Καναδά. Οι δημοσιεύσεις της περιλαμβάνουν περισσότερα από 110 άρθρα και αρκετές μονογραφίες, καθώς και επιμέλεια τόμων συνεδρίων. Οι έρευνες και οι δημοσιεύσεις της χρηματοδοτούνται σε ετήσια βάση, ήδη από το 1987 από το Ινστιτούτο Αιγαιακής Προϊστορίας των ΗΠΑ. Η Μεταξία Τσιποπούλου είναι επίσης εκλεγμένη Πρόεδρος του Συλλόγου Φίλων του Ιστορικού Αρχείου της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας και Αντεπιστέλλον Μέλος του Αρχαιολογικού Ινστιτούτου Αμερικής.