Το Ξενοκράτειο μέγαρο ανεγέρθη στο κέντρο της πόλης του Μεσολογγίου στα τέλη του 19ου αι. και είναι χαρακτηρισμένο ως νεώτερο μνημείο. Ήταν το πρώτο εκπαιδευτήριο της πόλης, δωρεά του ευεργέτη και Ιερολοχίτη Κωνσταντίνου Ξενοκράτη, που λειτούργησε ως σχολικό κτήριο έως τη δεκαετία του 1990. Το έτος 2011, με  πρωτοβουλία της τότε ΛΣΤ’ ΕΠΚΑ,  παραχωρήθηκε από τον Δήμο Ι.Π. Μεσολογγίου στο Υπουργείο Πολιτισμού για τη δημιουργία Αρχαιολογικού Μουσείου. Με χρηματοδότηση από το Ε.Π. «Δυτική Ελλάδα 2014-2020», υλοποιήθηκε από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Αιτωλοακαρνανίας και Λευκάδας σε συνεργασία με την Υ.Ν.Μ.Τ.Έ.Δ.Ε.Π.Ν.Ι. το έργο «Αποκατάσταση Ξενοκρατείου κτηρίου και μετατροπή του σε Μουσείο» και το κτήριο αποτελεί πλέον, έναν σύγχρονο μουσειακό χώρο.

Η οργάνωση της έκθεσης, κατά θεματικές ενότητες, ακολουθεί σε γενικές γραμμές τη χρονολογική διάταξη από τους προϊστορικούς έως τους ρωμαϊκούς χρόνους. Τα 1.300 εκθέματα από όλη την Αιτωλοακαρνανία, που συνοδεύονται από πλούσιο εποπτικό υλικό, ψηφιακές εφαρμογές, βιντεοπροβολές, εκπαιδευτικά προγράμματα και πολυθεματική πολυμεσική εφαρμογή, δημιουργούν την ταυτότητα του Μουσείου, προσφέροντας μία εξαιρετική μουσειακή εμπειρία.

Η δημιουργία του Ξενοκρατείου Μουσείου στην πρωτεύουσα της Π. Ε. Αιτωλοακαρνανίας, έρχεται να καλύψει ένα σημαντικό κενό στα πολιτιστικά δεδομένα μιας περιοχής εξαιρετικά πλούσιας σε αρχαιολογικούς χώρους και μνημεία και σε εντυπωσιακά νέα ευρήματα από τις μεγάλες ανασκαφές των οδικών αξόνων, κατά μεγάλο μέρος άγνωστα στο ευρύ κοινό. Παράλληλα, η αξιοποίηση ενός ιστορικού κτηρίου, στενά συνδεδεμένου με τη ζωή της νεότερης πόλης, μέσω του συνδυασμού των εκθεσιακών ενοτήτων με εκπαιδευτικές και ποικίλες άλλες δραστηριότητες, αποτελεί μία μεγάλη πρόκληση, την οποία καλείται να αντιμετωπίσει η Εφορεία μέσα από αυτό το έργο.