Το Ι.Ε.Π. είναι επιτελικός επιστημονικός φορέας που υποστηρίζει το Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων και τους εποπτευόμενους φορείς του στα θέματα που αφορούν την πρωτοβάθμια και δευτεροβάθμια εκπαίδευση, τη μεταλυκειακή εκπαίδευση, τη μετάβαση από τη δευτεροβάθμια στην τριτοβάθμια εκπαίδευση, την επιμόρφωση των εκπαιδευτικών και την αντιμετώπιση της μαθητικής διαρροής και της πρόωρης εγκατάλειψης του σχολείου, με στόχο τη διασφάλιση του δικαιώματος όλων των παιδιών στην εκπαίδευση. Για κάθε συναφή πρωτοβουλία ή δράση υπηρεσιών του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων ή εποπτευόμενων φορέων του, απαιτείται συνεργασία με το Ι.Ε.Π.
